() 1989年到1992年在原南斯拉夫SlavonskaPozega效力，1992年转到CrvenaZvezdaBeograd俱乐部，1993年取得希腊国籍同时加入PAOKThessaloniki俱乐部.96年被国王选中。1997年到1998年继续在PAOK效力，98年拿下希腊联赛MVP，同年进入NBA至今。
2000年－2001年赛季，国王送走威廉姆森，佩贾荣升主力，能量得到释放.在本季进步最快球员评选中位居第二，而且在全明星三分球大赛中也把阿伦和美国人惊出了一身冷汗.自此佩贾成为国王队仅次于韦伯的二号球星.这时的佩贾已经初显男人本sè。

2001年－2002年赛季，韦伯因伤赛季初未能上场，国王上下人心惶惶，在当时韦伯就是半支国王队，阿德尔曼甚至悲观地估计：“在韦伯归来之前我们如果能取得半数的胜率就谢天谢地了.”关键时刻，佩贾接过了领袖的重担，场均轰下近24分，率领国王取得15胜5负的优异战绩，直追湖人，为国王最后能超越湖人成为常规赛冠军打下基础.佩贾本季还有一大收获，就是荣膺三分大赛冠军，他没有让2001年的那一幕重现.然而佩贾最为人诟病的也是他的三分球.在2001年－2002年赛赛季国王与湖人西部决赛的生死关头，佩贾投失了一个致命的底线三分.尽管他是带伤上阵，然而这个三分球使得佩贾的心理素质遭到众多说客的质疑.否则这个赛季就该是佩贾成为男人的最佳时候.毕竟谁愿意在众人质疑的眼光下宣布自己是个男人呢？

2002年－2003年赛季，佩贾仍然饱受脚踝伤痛的困扰，职业生涯有走低的势头.不过佩贾用卫冕三分球大赛冠军来向人们表明了他并没有倒下，他说他要夺得三分球大赛三连冠，总有一天他会向人们证明他是个男人的。季后赛，韦伯倒下后，佩贾带领国王与小牛大七百回合后英勇就义.在其中的一场比赛中，佩贾在防守对方的全明星前锋德克·诺威茨基时，一把将对方推向场边的摄象机上.这时佩贾要成为男人的想法已经十分之强烈，他希望得到人们的公认.然而人们对于佩贾关键时刻的表现仍然不满意，他们对佩贾的心理素质再一次提出了质疑。革命尚未成功，佩贾仍需努力.

2003年－2004年赛季，一切和两年前都是那么地相似：韦伯仍然不在，仍然是佩贾率领国王冲锋陷阵，佩贾攻下更为耀眼的个人技术统计，国王更为强大.不同的是现在的佩贾彻底摆脱了伤病的困扰，变得更为成熟更具威胁xìng，对手总是用两到三个人去夹击他，而佩贾却总是能更好地发挥.jīng准得让许多内线球员都惭愧的命中率，越来越具冲击力的篮下突破，rì益凶狠的抢断，这些都是佩贾新的武器.而最大的不同却是佩贾不仅仅只能用得分来回击敌人，必要时，他也可能会让对手尝尝他拳头的厉害.半个赛季过去了，国王走在整个联盟的前列，佩贾也已经成为顶级杀手，他的能力已经得到人们的公认.缺少的只是一个仪式，于是佩贾向人们展现了他鲜为人知的另一面：向裁判叫板。

2006年1月28rì，佩贾·斯托贾科维奇来到印第安纳步行者队报到并参加了球队的新闻发布会。2006年7月13rì，印第安纳步行者和新奥尔良黄蜂正式通过先签后换完成了佩贾·斯托贾科维奇的转会。

2010年11月20rì，佩贾·斯托贾科维奇与杰里·贝勒斯一起被交易到多伦多猛龙队，黄蜂队换来了贾瑞特·杰克、马库斯·班克斯以及大卫·安德森。2011年1月21rì，猛龙队正式买断佩贾·斯托贾科维奇。

2011年1月25rì，佩贾－斯托亚科维奇正式与小牛完成签约。

2011年6月13rì，佩贾－斯托亚科维奇所在球队达拉斯获得NBA总冠军，佩贾－斯托亚科维奇是小牛晋级之路上的关键一员，特别是在4－0横扫湖人的系列赛中发挥出sè。