耿精忠造反之初，手下曾有人提出等局势更明朗时再动手不迟。可耿精忠觉得现在清廷尚未布置妥当，此时动手方可打他个措手不及。耿精忠力排众议于康熙十三年三月在福建起事。他派大将曾养性攻温州，大将马九玉攻衢州，大将白显忠攻江西广信。耿军所到之处归降如云，各地军民纷纷响应，浙江归附耿军者达二十万人，江西归附者十万之众。但随着时间的推移，耿军缺粮少用，指挥混乱的弊病就暴露出来了。各地耿军人数虽多，可都是自顾自。加上福建耿军也是仓促上阵，所以没有应付复杂局面的有效措施，所以在清军在浙江前线不断增兵的情况下，清军渐渐掌握了主动。经过不到一年的战斗，耿军前线一片混乱。见浙江局面危机，为了解脱困境，耿精忠与吴三桂商议共同合击江西，将福建与湖南的叛乱区联起来。这里耿精忠派出大将白显忠率数万人马进攻江西，开始还一切顺利，白显忠先后占领了江西靠着福建的广信、建昌、饶州各郡，眼看就要与吴军接上。可恰逢安亲王岳乐带领五万满清大兵赶到江西，几十门红衣大炮对着广信城一阵猛轰，耿军装备本就简陋，只是靠着人多势众一时得胜。如今遇上朝廷大兵，特别那大炮厉害，一群乌合之众如何能挡，白显忠抵挡不住，一路狂奔，一直跑回了福建。回来以后，耿军吸取教训，开始稳扎稳打，白显忠在江西边界固守，曾养性守住温州，马九玉守住衢州，在浙江与清军展开激战。
而这时浙江有清康亲王杰书六万满州兵，浙江总督李之芳率五万绿营兵。在浙江的战事，清廷逐渐取的了优势。而此时耿军吸取前次江西之败的教训，以主力各四万人坚守衢州和温州。李之芳在衢州，杰书在金华与耿军对垒，虽然战事激烈，究竟清军势大一些，还是清军胜多负少。只是耿军这时多是采取守势，清军一时也不易得手，双方战了数月，局面竟是无甚变化。康熙见杰书作战有些畏缩，将杰书降爵一级，并要求杰书立即开始向福建进攻。康熙十四年底，杰书会同贝子傅喇塔率八万清兵围攻温州，曾养性和温州总兵祖宏勋力拒之，又激战四个月不见分晓。而衢州方面李之芳的浙江绿营也无法取胜马九玉，清廷屡屡指责他们作战不力。正在这时吴三桂要求耿精忠合谋广东，耿指使潮州总兵刘进忠与台湾郑经合力进攻广东，而耿精忠再次出兵江西，占领广信、建昌等地，以阻止江西清兵增援广东。

浙江总督李之芳见衢州耿军被调走不少，马九玉兵力不足，同时耿军进攻广东，浙江耿军少了后援，逐建议杰书合兵共图衢州。杰书附议，逐与傅喇塔舍了温州，与李之芳共同督兵十一万围攻衢州。这时马九玉率兵三万守住衢州要地九龙山，另派万人守粮道大溪滩。李之芳三人见此情形，逐到前方细细查看，看到耿军咽喉乃使粮道，心生一计，这就与杰书、傅喇塔如此这般的商议了一番，三人这就各自行事。由贝子傅喇塔率精骑两万偷袭大溪滩，大溪滩耿军迎战之。傅喇塔的满洲精骑已经过年余征战，凶悍秉性渐渐恢复，加上这时与耿军作战，士气、装备都已占了上风。耿军营里竟让满洲铁骑一击而破，那健马在耿军人群中冲撞起来，钢刀四下翻飞着十分凶猛，耿军伤亡惨重，眼看大溪滩危矣！

这里马九玉听说粮道被劫，忙领兵下山去救，不想半路上被杰书、李之芳率部杀出。马九玉知道大溪滩重要，可不知道清军就是要半路围杀他，他还硬撑着要应敌。渐渐的清军四围上来，耿军主力被包围。两军对垒，双方都是精锐部队，又都是数年的对手，仇人想见分外眼红。各自也都使出浑身解数：这边刀劈斧砍，那边剑回枪刺；到处是皮开肉绽，望眼处臂断腿折；天空中烟尘飞舞，炮响起四肢横飞；漫天季喊杀震天，耳听起鬼哭狼嚎。这几万人战在一起的场面实在是巍巍壮观。终究清兵人数占优，加上火力强大的火炮，将那耿军渐渐围堵起来箭射炮轰，耿军伤亡巨大。到最后清兵越来越多，耿兵越来越少。马九玉见势不妙，只得丢了衢州，带领亲信杀出重围向福建仓皇逃跑。当马久玉回到福建时，点起跟着的手下只剩下数十人了。九龙山一战耿军被歼的就达到三万，耿精忠的精锐部队在此仗中被消灭了大半，这一仗也是东南战场的转折点。

大胜后，杰书立即向朝廷报捷。康熙大喜过望，前方将士各有嘉奖，又命李之芳前去攻打温州，杰书去攻仙霞关。这时西线耿军已被消灭殆尽，杰书开始向福建进发。恰又闻陕西王辅臣投降清军并官复原职，耿军众人开始各打主意。先是李之芳军中一个谋士说与白显忠的手下相熟，愿意到他军中劝其投降。他到了耿军中见到白显忠说明了来意，白显忠两次进入江西都被打的大败而归，知道清军大炮厉害，加上马九玉大败，王辅臣投降等事件的影响，白显忠也就顺势降了清廷。过后白显忠又去说服曾养性，曾养性也是无可奈何的投降了。这样浙江全境叛乱被平息。

而这时的耿精忠正处于内忧外患之中，前方战败的消息不断传过来，由于衢州、温州的耿军相继被消灭，实际上耿精忠已经没有多少兵力来保卫福建了。仙霞关守将见杰书势大，降了就可保命，逐率部下出关投降。仙霞关被清军顺利拿下，清军进入福建已经没有任何障碍，福建全境都已成了无主之地，那福州城里更是乱做一团。而这时漳州的郑经又借机占了兴化，至此郑军已占了福建漳州、岩州、泉州、汀州、延平等七郡。而耿精忠却面临着朝廷大军和郑经军的夹击，势力日蹩，他已没了退路。康熙十五年九月，耿精忠在无可奈何之中，向清廷乞降。为了不暴露自己的恶行，也是要出一口怨气，耿精忠在投降前秘密将前福建总督范乘谟杀死。清廷招安了耿精忠，立即复其官职，命他会同康亲王杰书共同围剿郑经。

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自从吴三桂反清以来，尚之信的心情就时好时坏。原来与吴三桂约好共同起事，可事到临头尚之信又畏缩不行，致使吴三桂多次来信指责，并威逼利诱，多方诱导，尚之信都置之不理。尚之信在广东又受到多方掣肘，先是吴三桂来使诱招尚之信，可父亲尚可喜却将来使拘禁，并将吴三桂的檄文上呈朝廷，使尚之信有些无可奈何。这里父亲一心一意的效忠朝廷，可尚之信的手下却鼓噪不安，纷纷要效仿吴三桂，尚之信有些左右为难。潮州总兵刘进忠首先发难，反叛满清。尚可喜命儿子尚之孝率兵前去平叛，尚之信协助之。朝廷授尚可喜为招讨大将军、加封为辅德亲王，尚之孝为平南将军，尚之信为靖寇将军协同作战。刘进忠会同福建的郑经共御之，一时双方激战无果。

康熙十三年，孙延龄杀了广西巡抚后归顺吴三桂。而吴三桂在湖南、湖北、江西取得一定的优势后，曾有过多方打算：想突破长江会同陕甘王辅臣，可大将军勒尔锦死守荆襄，使吴军想过长江竟是不能；想打通江西、浙江，会同耿精忠合取江南，但清廷派了三个亲王大将军岳乐、喇布、杰书合守江西、浙江，吴军一时也是无机可乘。

见湖北、江西清军防御严密，吴三桂开始转图广东，他与耿精忠约定分别从广西和福建夹攻广东。康熙十四年底，孙延龄手下大将马雄和吴三桂手下董重民等从西面开始进攻广东，刘进忠会同福建的郑经从东面也开始进攻。广东提督吴六奇，高州总兵祖泽清率属下廉州、雷州、琼州、高州（茂名）镇兵先后归顺吴军。尚可喜一直勉强支撑着，可到了康熙十五年，吴三桂策动广东水师叛变，广州向外的联系被切断。适逢尚可喜身体老迈，卧病在床，广东各地汉将更是跃跃欲试，尚之信借机夺了兵权，拘禁父亲，反叛满清。可怜尚可喜自清初就为了活命投降满清，一辈子战战兢兢维护满清朝廷，无非是想为尚家求个平安，不想到头竟被自己的儿子破了不反满清的戒律，看看尚家就要死无葬身之地了，他一口气没有上来，竟被活活气死了。

康熙原本极看重广东，平藩之战一开始由于尚可喜的忠心，康熙一下就将尚可喜的三个儿子封了一个大将军，两个将军，无非是要笼络他们，勉励效忠。朝廷派重兵力保江西也是要守住通往广东的最后通道。刘进忠在潮州叛变，康熙立即派尚之孝、尚之信前去讨伐，可刘进忠在郑经的帮助下竟将尚之孝击退。尚之孝手下多为尚可喜的嫡系，经此一战，折损过半，已是无力再战。而尚之信手握广东大部分兵力，对清廷却阳奉阴违，时时寻些借口避战畏缩，加上吴六奇等下属不断提醒小心，尚之信竟将自己的镇兵撤到一旁，任由尚之孝与刘进忠两人折腾。

待到广东出现变局，吴六奇、祖泽清、尚之信先后投靠吴军。康熙大惊，立即派将军莽依图率五万清军前来进剿。而这时尚之信早已胸有成竹，他先是采纳吴六奇的建议，将靠近江西的嘉应府放弃，接着有集中兵力将四处攻城略地的小股清军消灭。莽依图见势不好急忙集中兵力向广东腹地进攻。而这次清军大军正在走着，有探马报潮州总兵刘进忠和尚之信率兵六万分别从两翼包围了嘉应城，正在猛攻之中，看看就要城破了。莽依图听到此信，一时竟慌的没了主意，倒是手下对他说：“大帅，皇上要我等来灭贼，只是要剿了敌势才是，眼下他既然已现身嘉应，我等理应前往剿之。”莽依图知道那嘉应城乃是江西向广东输送粮秣军需的唯一通道，那城里现在就放有大军的许多粮草军需，这要被他打下那可如何是好？这就领兵急忙赶回。回去一看，城里已是空无一人，自己留下的五千人马与尚军一道都是没了踪影，留下的军需用物也被尚军一扫而光。连忙派人回江西联系接济，可派出的人左等右等都不见消息，又过了几天，原来带的粮秣看看就要用尽，正在犹豫是进是退时，派出去的探马回来报说四周各地都见到尚军活动，看是想包围嘉应城了。下面偏将进言道；“大帅，眼下局面，依我等这数万人马要胜广东一省之敌实是不易，再说眼下大军没有粮秣补给，看看援兵也是杳杳无影，就是在这里坚守也不过几天而已，到时将士饥饿疲惫，要想突围可就难了。”

莽依图见他说的有理，可心中还对康熙有所忌讳，这就问道：“你说的不无道理，只是皇上对不战而退的人历来严厉，这次出征竟是未见尚军就已折了许多兵将粮草，此番回去怕是没好着落了。”

那偏将道；“皇上说的不战而退，乃是指有望取胜者不战而退，我等也算占过他嘉应之地。再说大军回去准备过后还可再来，可若是都被堵在这里究竟没有后路了。”

莽依图原本是想在这里等着江西援助，没想到后方多日不见回信儿，那尚军还要合围过来，这里又断了供应。莽依图打仗历来谨慎，这次他也是收起营寨，立即开回江西。当他的大队走到不远的玉寿山时遇到尚军埋伏，尚军占据有利地形用火炮、弓弩向清军射击，清军有了不少伤亡。莽依图心中虽有些慌张，可转念一想，若是在这里能将尚军打败，也是大功一件。这里他组织清军将炮队、剑阵排列整齐，向尚军阵中杀来。这尚军也不是真心要打，虚晃一枪后纷纷逃走。清军见敌人跑了，也不追赶，径直回江西去了。

原来尚之信归顺吴三桂以后，吴六奇、刘进忠、祖泽清纷纷向他示好。听到清军来攻，吴六奇和刘进忠还提出要给尚之信以帮助。吴六奇提出了让出嘉应府，随后两边夹击，合击清军的建议，并派来了一些爆破队员帮助尚之信去炸嘉应城门。尚之信部分的采纳了他的建议，用五万多人夺下嘉应城后，抢走了清军的所有补给，切断了广东与江西的联系。可尚之信知道自己就这几万人的老底子，若要将莽依图包围了消灭掉，届时他势必与你拼命，就是将他灭了，自己也难免要伤筋动骨；再说自己也就这几万人能否将他吃掉还两说呢，到时他再反嚼一口更为不利；当然还有一个更深层的原因，尚之信是能想不能说，他还不想与满清大打出手，眼下虽是受吴三桂辖制，可他看出来吴军、耿军都时日不久了，眼下与清廷能和睦相处自是最好。所以他采纳吴六奇的部分建议，断了清兵粮草，但他后来只是出来造势恐吓，他要将清兵吓跑。谁知这个莽依图天生谨慎，以为尚军势大，这就真撤了回去。

吴三桂看广东一时平静下来，这就要尚之信出人出钱，帮助吴军作战。尚之信心中已是恼怒，恰好吴三桂又派人到广东要取代与尚之信一起归顺周吴的广东总督和巡抚。实际上原广东总督金光祖与尚之信十分相得，尚之信在平藩战争中两相不靠，左右逢源的策略也多是出自金光祖一人，所以在尚之信眼里金光祖是不可或缺的。再说吴三桂派巡抚、提督来，其用意很是刻毒，他是要掌握广东的财权与兵权，这以后怕是要换他尚之信了。尚之信认识到吴三桂实是过于跋扈了，他大有要吞并广东之势，尚之信心生去意。这里尚之信心中算计怎样摆脱周吴，那边传来陕甘王辅臣投降清军，接着浙江、福建耿军溃败，耿精忠投降满清。王、耿二人投降后，清廷都给予官复原职，还让他们统领原班人马，协助清军进剿叛军。尚之信看的心热，暗中也向清廷呈纳降书，并计杀吴三桂派到广东的将军董重民，于康熙十六年初率部再次投降满清。尚之信投降后，分别致信吴六奇、刘进忠、祖泽清，规劝他们投降满清。高州总兵祖泽清也欲降。吴六奇和刘进忠共同致信祖泽清，邀为抗清同盟，并愿助其抵御清兵，祖泽清同意与潮、廉、雷各州共进退。吴、刘、祖三人又致信尚之信，说潮、高、雷、廉、琼五郡已结为同盟，虽是一时不愿归顺朝廷，但愿与尚之信合作共处。并指出若是尚军定要与五郡为难，他们只有合兵一处共同抵敌。清廷本是要尚之信戴罪立功，与莽依图一道共同剿灭五郡，尚之信见五郡结盟，自己胜算无多，再说这时再损兵折将那是自寻死路。这里他又耍起江湖，左推右挡，不愿进剿，广东倒是暂时平静了。

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