清王朝统一中国的那一年，年轻的顺治帝就病死，他的儿子玄烨即位，这就是一代明君清圣祖，也叫康熙帝。康熙大帝在位的第一件事情就是除掉权臣鳌拜。
康熙帝即位的时候，年纪才八岁。按照顺治帝的遗诏，由四个满族大臣帮助他处理国家大事，叫做辅政大臣。四个辅政大臣中，有个叫鳌拜，仗着自己掌握兵权，又欺负康熙帝年幼，独断专横。别的大臣和他意见不合，就遭到排挤打击。

康熙帝满十四岁的时候，亲自执政。这时候，另一个辅政大臣苏克萨哈和鳌拜发生争执。鳌拜勾结同党诬告苏克萨哈犯了大罪，奏请康熙帝把苏克萨哈处死。康熙帝不肯批准。鳌拜在朝堂上跟康熙帝争了起来，后来竟卷起袖子，大吵大嚷。康熙帝非常生气，但当时鳌拜势力太大，康熙只好由着鳌拜把苏克萨哈杀了。于是，康熙帝决心除掉鳌拜。他物色了一批十几岁的贵族子弟担任侍卫，这些少年个个长得健壮有力。康熙帝把他们留在身边，天天练摔跤。鳌拜进宫去，常常看到这些少年吵吵嚷嚷在御花园里摔跤，只当是孩子们闹着玩，一点不在意。

有一天，鳌拜接到康熙帝命令，要他单独进宫商量国事。鳌拜像平常一样大模大样进宫去。刚跨进内宫的门槛，忽然一群少年拥了上来，围住了鳌拜，有的拧胳膊，有的拖大腿。鳌拜虽然是武将出身，力气也大。可是这些少年人多，又都是练过摔跤的，鳌拜敌不过他们，一下子就被打翻在地。任凭他大声叫喊，也没有人搭救他。这样康熙帝就把鳌拜抓了起来，把鳌拜的官爵革了。

康熙帝亲自执政后做的第二件大事就是平定三藩。三藩指镇守云南的平西王吴三挂、镇守广东的平南王尚之信、镇守福建的靖南王耿精忠。这三个藩王本来是投降清朝的明军将领，因为他们帮助清朝消灭南明，*农民军，清王朝认为他们有功，封他们为藩王，合起来叫做“三藩”。三藩之中，吴三桂最强，他不但军事实力极其雄厚，总兵力不下10余万，还控制这地方财政，自派官吏，不把清朝廷放在眼里。三藩各拥有雄厚兵力，占据一方，形成独立王国，严重威胁着清*；而且三藩的存在，使得清廷每年要消耗兵饷2000余万两，在经济上也成为沉重的负担。因此，康熙不能不考虑撤藩的问题。

1673年3月，撤藩的机会来了。尚可喜请求告老归辽东，让他自己的儿子尚之信承袭爵位继续坐镇广东。康熙帝抓住这个机会，同意他告老，但不允许他儿子袭爵，命令其尽撤藩兵回籍。这道命令触动了吴、耿二藩，他们也奏请撤藩，目的在于试探清廷的态度。康熙帝于是将计就计，同意吴三桂和耿精忠所请，毅然下令撤藩。诏令一下，吴三桂果然暴跳如雷。他自以为是清朝开国老臣，现在年纪轻轻的皇帝居然撤他的权，就非反不可了。于是当年，吴三桂就在云南起兵。为了笼络民心，他脱下清朝王爵的穿戴，换上明朝将军的盔甲，在永历帝的墓前假惺惺地痛哭一番，说是要替明王朝报仇雪恨。但是，人们都记得很清楚，把清兵请进中原来的是吴三桂；最后杀死永历帝的，还是吴三桂。现在他居然打起恢复明朝的旗号来，还能欺骗谁呢？

吴三桂在西南一带势力大，一开始，叛军打得很顺利，一直打到湖南。他又派人跟广东的尚之信和福建的耿精忠联系，约他们一起叛变。这两个藩王有吴三桂撑腰，也反了。历史上把这件事称做“三藩之乱”。三藩一乱，整个南方都被叛军占领。康熙帝并没有被他们吓倒，一面调兵遣将，集中兵力讨伐吴二桂；一面停止撤销尚之信、耿精忠的藩王称号，把他们稳住。尚之信、耿精忠一看形势对吴三桂不利，又投降了。吴三桂开始打了一些胜仗，后来清兵越来越多，越打越强，吴三桂的力量渐渐削弱，处境十分孤立。1678年，势穷力竭的吴三桂为了鼓舞士气，于这年3月在衡州称帝，立国号为周，建元昭武，大封诸将。但这一招并未起什么作用，他忧愤成疾，于这年8月病死。其孙吴世璠即帝位。吴三桂死后，叛军的势力也月来越弱了。公元1681年，清军分三路攻进云南昆明，吴三桂的孙子吴世璠自杀。经过8年的战争，清军最后平定了叛乱势力，统一了南方。